Флеш — это неудобно: нельзя увеличить текст, скопировать ссылку или открыть ее в новом окне, сохранить картинку или всю страницу.
Флеш — это дорого и трудоемко: сделать хорошую анимацию, как и видео, на порядок сложнее и дороже, чем нарисовать статичную картинку; сделать плохую анимацию — раз плюнуть.
Флеш — это как компьютерные спецэффекты в голливудских блокбастерах: попытка компенсировать бессмысленность происходящего на экране пестрой эффектной чепухой.
Умные фильмы с хорошими спецэффектами, как и хорошие сайты с уместным флешем — исключение из правил.